Основными научными направлениями деятельности Института являются:
- исследование и разработка необитаемых подводных робототехнических систем и комплексов;
- разработка научных основ и технологий автоматизации исследований океанической среды.
В настоящее время ИПМТ ДВО РАН является ведущей организацией в Российской Федерации по научному обоснованию, проектированию, созданию и практическому применению подводных робототехнических систем. По программам фундаментальных и прикладных исследований осуществляются разработки по перспективным направлениям развития подводных робототехнических комплексов, включая исследования проблем системной организации «интеллектуальных» подводных роботов, систем подводной навигации и связи, информационно-управляющих систем широкого применения. Результаты проводимых в Институте исследований реализуются при создании обзорно-поисковых и обследовательских подводных роботов в рамках государственных заказов в интересах различных ведомств. Разработано более 10 типов необитаемых подводных робототехнических комплексов и выполнено более 40 глубоководных работ мирового уровня с использованием созданных разработок.